Die Stuko befasst sich mit den Veränderungen des Studienplanes und der Vorlesungen und Teilen der Inhalte. Wenn Änderungen an Vorlesungen genommen werden sollen, müssen diese im LuSt besprochen und diskutiert werden. 

Der FBR befasst sich mit relevanten Themen aus den Bereichen Lehre und Studium. Die Mitglieder des Gremiums diskutieren und entscheiden dabei beispielsweise über Themen wie Habilitationsanträge, Studien- und Prüfungsordnungen, Verwaltungs- und Personalangelegenheiten sowie Resolutionen. Zudem wählt der FBR die/den DekanIn, die/den StudiendekanIn und die/den ProdekanIn. Drei bis vier Mal im Semester tritt der FBR zu seinen Sitzungen zusammen. Das wohl wichtigste Gremium des Fachbereiches ist der Fachbereichsrat (FBR), dessen Mitglieder jedes Jahr während der Uni-Wahlen bestimmt werden. Die Fachschaft Pharmazie wählt dabei einen VertreterInnen und einen StellvertreterInnen aus ihren Reihen in den FBR. Der FBR setzt sich aus folgenden VertreterInnen der Statusgruppen zusammen: 

• sieben Professoren / Professorinnen
• drei Studierenden
• zwei wissenschaftlichen Mitarbeitern / Mitarbeiterinnen
• einem technisch-administrativem Mitglied

In den Direktorien werden Stellenbewirtschaftungen, Lehraufträge sowie Finanz- und Personalangelegenheiten behandelt. Es gibt je ein Direktorium pro Fachbereichsinstitut. Der Fachbereich Pharmazie unterteilt sich dabei in die vier folgenden Institute und damit in die entsprechenden Direktorien: 

• Institut für Pharmazeutische Biologie
• Institut für Pharmazeutische Chemie
• Institut für Pharmazeutische Technologie
• Pharmakologisches Institut für Naturwissenschaftler

Geht es um die Anerkennung von Prüfungsleistungen, Benotungsfragen, Einsprüchen oder Widersprüche bei Prüfungen und Klausuren wird der Prüfungsausschuss einberufen. Je nach Dringlichkeit der Angelegenheit tagt der PA zwei bis drei Mal im Semester. Dort vertreten sind: 

• vier Professoren / Professorinnen
• zwei Studierende
• zwei wissenschaftliche MitarbeiterInnen

Die wichtigste Kompetenz der FSK ist die Verwaltung und Vergabe der gemeinsamen Fachschaftsgelder. In diesem Gremium wird über Anträge der Fachschaften auf Förderung durch verschiedene Fonds (Anschaffungfonds, Reisekostenfonds, etc.) entschieden. Als weitere Funktion (zumindest auf dem Papier) berät die FSK den Allgemeinen Studierendenausschuss (ASTA) un die studentischen Mitglieder im Senat, insbesondere zu Fragen, die die Fachschaften betreffen. Die FSK koordiniert des Weiteren die Arbeit der Fachschaften (auch untereinander) und kann Stellung zu fachbereichsübergreifenden Angelegenheiten der Universität Stellung nehmen Die FSK wurde 2003 als Teil der studentischen Selbstverwaltung neben dem Studienparlament etabliert und ist eine Art "Bundesrat". 

Der Bundesverband der Pharmaziestudierenden in Deutschland stellt die offizielle Vertretung aller Pharazistudierenden in Deutschland dar. Der Verband vertritt die Interessen der Pharmaziestudierenden an den Universitäten und in der Öffentlichkeit. Alle 22 Fachschaften der pharmazeutischen Institute sind Mitglied im BPhD. Das bedeutet, dass alle Pharmaziestudierenden automatisch Teil des BPhD sind.